1989-1992 yılları arasında Ankara Eğitim Yüksek Okulu Müdürlüğü ve 1995-2001 yılları arasında Gazi Eğitim Fakültesi Dekan Yardımcılığı görevlerinde bulunan Prof. Dr. Safran 1999 yılında Profesör olmuştur. 2002–2008 yılların arasında Gazi Eğitim Fakültesi Türkçe ve Sosyal Bilimler Eğitimi Bölümü Tarih Eğitimi Anabilim Dalı Başkanlığı da yapan Prof. Dr. Safran, 2008-2011 yılları arasında Gazi Eğitim Fakültesi Dekanlığı görevini yürütmüştür. 

Prof. Dr. Safran; 2008-2012 yılları arasında Yükseköğretim Kurulu’nda Öğretmen Yetiştirme Çalışma Grubu Yürütücüsü, 2012-2016 yılları arasında YÖK Başkan Danışmanı, 2016-2018 yılları arasında da YÖK Denetleme Kurulu Üyesi olarak görev yapmıştır. 

Prof. Dr. Safran, 2010 yılında başladığı UNESCO Türkiye Milli Komisyonu "Eğitim İhtisas Komitesi" Yürütücüsü ve daha sonra "Dünya Belleği İhtisas Komitesi" Yürütücüsü olarak Türkiye Milli Komisyonu Yönetim Kurulu Üyeliği görevlerini sürdürmektedir. 

2018-2021 yılları arasında Millî Eğitim Bakanlığı Bakan Yardımcısı olarak görev yapan Prof. Dr. Mustafa Safran, bu görevi sırasında “Geleceğin Eğitiminde 3D Yazıcıların Kullanılması-3DP Projesi”, “Temel Eğitimde Demokrasi Kültürünün Güçlendirilmesi Projesi”, “Mesleki ve Teknik Eğitim Yoluyla Toplumsal ve Ekonomik Uyum Projesi”, “Öğrenmenin Geliştirilmesi, Yenilikçi Öğretim, Eğitim Ortamı Projesi-ELITE”, “Kapsayıcı Eğitim Öğretmen Eğitimi Modülü Yönetici Eğitimi Projesi” gibi 80 adet Avrupa Birliği Projesi’nin yürütücülüğünü yapmıştır.

Prof. Dr. Mustafa Safran, 2010 yılından itibaren Türkiye Bilimler Akademisi (TÜBA) Asli Üyesi ve European Association of History Educators (EUROCLIO) üyesidir. 2009 yılında kurucusu olduğu Tarih Eğitimcileri Birliği Derneği’nin genel başkanlığı görevini halen sürdürmektedir. KKTC Doğu Akdeniz Üniversitesi Vakfı Yönetim Kurulu üyesidir.

Evli ve iki çocuk babası olan Prof. Dr. Mustafa Safran, halen Gazi Üniversitesi Gazi Eğitim Fakültesi Tarih Eğitimi Anabilim Dalı öğretim üyesi olarak görevine devam etmektedir.