Mir Cafer Bağırov'un Stalin Dönemi'nde Azerbaycan politikasındaki rolüyle ilgilidir. Ayrıca Mir Cafer Bağırov, Stalin'in siyasi düşüncesini uzun yıllar Azerbaycan'da uyguladı. Özellikle Azerbaycan'ın yer altı kaynaklarını sömürme konusunda Bağırov'dan yararlandı. 1933 yılında Mir Cafer Bağırov, Sovyet Sosyalist Azerbaycan Cumhuriyeti Merkez Komitesi Başkanlığı'na atandı. Bu tarihten 1953 yılına kadar Azerbaycan'ı yönetti. Ayrıca 1937- 1938 yılları arasında uygulanan represiya (baskıcı yönetim) Azerbaycan aydınlarının sürgüne gönderilmesine veya kurşuna dizilmesine sebep oldu.
Bağırov  II. Dünya Savaşı sırasında Bakü petrolünün çıkarılmasında ve Kızıl Ordu'ya yardım edilmesinde önemli bir rol oynadı. Sovyetler Birliği'nin dağılmasıyla bağımsızlığını ilan eden Azerbaycan'da, Bağırov hakkında kitap ve makaleler yazılmaya başlandı. Ancak bazı yazarlar (Osman Mirzayev gibi) Mir Cafer Bağırov'u halk düşmanı olarak görüyorken, bazıları (Teyyub G.) da rejimin baskısı sonucunda Stalin'in baskıcı yönetimini Azerbaycan'da uyguladığını savunuyordu. Mir Cafer Bağırov, 1956 yılında Rudenkov tarafından yargılanırken özellikle Ermenilere karşı uyguladığı yanlı politika gündeme getirilerek ve bu politikanın Sovyet Birliği felsefesine ters düştüğü iddia edilerek kurşuna dizdirdi.